PCR实验室设计的关键难题是如何避免污染。在具体工作中，如下类别的污染是比较容易见到的：放大产品的污染；自然基因组DNA污染；试剂污染和样本间的污染。如果发生污染，一定要终止实验，直至发现污染源，而且还要扔掉测试结果，所以需重复检验。因此，污染出现后在实验室附近找寻污染源不但费时费力，并且耗费人力物力。故此，为了避免污染，应当预防为主，而不是清除。

1、严密区分工作区域

  （1）合理设立每个试验区；

  （2）每个试验区应当有突出的标识（如显眼的门牌或是相异的颜色等），以此区分不同试验区的设施项目和试剂混淆

2、恰当的系统设置

  （1）恰当的空调和通风系统设置，尽可能采用全供全排的空调系统；

  （2）严密的气流压力监控，保障不同试验地区的不同压力要求

3、标准化操作

  （1）临床基因扩增检测实验室的技术人员一定要经历过在职培训，培训达标之后方可从事临床基因扩增测试；

  （2）实验操作过程中，操作人员需要戴手套，并且常常更换手套。除此之外，在操作中使用一次性帽也是避免污染的重要举措；

  （3）消毒工作及时、正确。试验完结之后，要立刻打扫该地区。除了使用标准消毒液擦拭消毒表层或者使用紫外线灯照射消毒之外，部分试验器材也应实施高气压消毒。

4、严密管控

  （1）严格控制人员出入实验室。和试验不相关的人员不准擅自出入实验室。如有可能，应设立出入整个实验区的独立通道和门；

  （2）每个试验区应采用有着突出差别标识（如不同颜色）的工作服。工作人员离开时，不准将该地带之内的工作服带到其他地区；

  （3）尽量减少在试验地区内不必要的行走，以降低交叉污染的风险

  （4）增加产物检验区域是扩增产物污染的主要来源。废液不准倾倒在实验室以内，必需在用消毒剂浸泡和消毒之后扔掉。一次性材质，如使用过的吸盘，亦应在用消毒剂浸泡和消毒后进行处理，如焚毁；

  （5）一些诱变及有害物质可能会用于扩增产物分析区域，应特别注意实验室人员的安全保护

 5、完备的实验室配套设施

健全的实验室配套设备是确保试验工作的必要条件。应依据每个实验室的不同实验内容配置对应的设施以及设备，如超净工作台、离心机、取样器等